1、網站地圖和網站導航在功能方面的差異。網站導航的基本作用是讓用戶在瀏覽網站過程中不至迷失，并且可以方便地回到網站首頁以及其他相關內容的頁面；而網站地圖的基本作用是讓瀏覽者可以對網站整體框架有快速的了解，并且可以通過網站地圖中各個欄目的鏈接直接進入相應的欄目，一個設置規范的網站地圖還有另外一項重要作用，就是為搜索引擎檢索網站內容提供方便，增加網站在搜索引擎中的排名優勢。也就是說，網站地圖既要給訪問者看，也要給搜索引擎“看”，有時后者更重要，網站導航則主要是為用戶獲取信息和服務提供方便，因此在設計方面，網站地圖要考慮到搜索引擎收錄網頁的特點，而網站導航主要考慮用戶訪問網站的習慣。

2、網站地圖和網站導航在表現形式上的差異。網站導航表現為網站的欄目菜單設置、輔助菜單、其他在線幫助等形式，而網站地圖表現為一個表明了欄目結構并且設置了相應鏈接的一個網頁。網站導航設置是在網站欄目結構的基礎上，進一步為用戶瀏覽網站提供的提示系統，由于各個網站設計并沒有統一的標準，不僅菜單設置各不相同，打開網頁的方式也有區別，有些是在同一窗口打開新網頁，有些在新打開一個瀏覽器窗口，因此僅有網站欄目菜單有時會讓用戶在瀏覽網頁過程中迷失方向，如無法回到首頁或者上一級頁面等，還需要輔助性的導航來幫助用戶方便地使用網站信息。

3、網站地圖和網站導航的聯系。兩者之間的作用和目的是一致的，而且并不是互相獨立的，網站地圖通常是一個網頁，網站導航則是一個系統，網站地圖也屬于網站導航系統的一部分，只不過由于其特殊的作用而給予特別的重視。